学术论文

      DPP-4与氰基吡咯烷类抑制剂相互作用的分子动力学模拟

      Molecular dynamics simulation of binding of cyanopyrrolidine inhibitors to dipeptidyl peptidase-4 (DPP-4)

      摘要:
      通过分子对接、分子动力学(MD)模拟和自由能分析的方法研究3种氰基吡咯烷抑制剂与二肽基肽酶-4(DPP-4)之间的成键机制,分析和讨论3种抑制剂与二肽基肽酶之间的静电相互作用、范德华相互作用.用MM-PBSA方法计算得到的3种抑制剂的结合自由能与实验测得的结果是一致的.抑制剂与残基所形成的氢键能够使抑制剂稳定在结合位点.由残基Tyr631和Tyr666与抑制剂形成的范德华相互作用对结合自由能起到关键作用,并且显著地将3种不同抑制剂的生物活性区分开来.
      Author: GU Yongliang DONG Keke WANG Wei ZHU Xiaolei
      作者单位: 南京工业大学化学化工学院材料化学工程国家重点实验室,江苏南京,210009
      年,卷(期): 2015, 37(3)
      分类号: O643.1
      机标分类号: O64 R91
      在线出版日期: 2015年7月7日
      基金项目: 国家自然科学基金