学术论文

      蛋白质序列及其翻译后修饰鉴定的盲搜索算法评价

      Evaluation on Blind Search Algorithm for Identification of Post-Translational Modiifcations

      摘要:
      蛋白质翻译后修饰鉴定是计算蛋白质科学的重要研究方向,研发速度快和精度高的鉴定算法及软件,是该方向的一个主要问题。本文回顾了蛋白质翻译后修饰鉴定的各类算法,并主要对蛋白质序列及其翻译后修饰鉴定的盲搜索算法和软件进行研究。通过对具有代表性的两个盲搜索软件InsPecT和SIMS,以及限定性搜索软件pFind的对比分析,对盲搜索算法在蛋白质序列及其翻译后修饰方面的瓶颈、问题及未来发展趋势做出了评价。
      Abstract:
      The identification of post-translational modifications in protein is a very important research direction in Computational Proteomics. One of its major topics is to develop efficient and speedy identification algorithms and software. In this paper, we will give an overview of various algorithms in identiifcation of post-translational modiifcations ifrst, and then we will focus on the study of blind search algorithm and software which identify protein sequences and their post-translational modiifcations. Through analyzing InsPecT and SIMS, two cases of typical blind search software, plus pFind, a case of restrictive search software, we concluded the bottleneck, main problems and future development of blind search algorithm for post-translational modiifcation.
      作者: 黄潘育 [1] 郎显宇 [2] 周纯葆 [2] 陆忠华 [2]
      Author: Huang Panyu [1] Lang Xianyu [2] Zhou Chunbao [2] Lu Zhonghua [2]
      作者单位: 中国科学院计算机网络信息中心,北京 100190; 中国科学院大学,北京 100049 中国科学院计算机网络信息中心,北京,100190
      年,卷(期): 2014, (1)
      机标分类号: R77 R73
      在线出版日期: 2014年5月8日
      基金项目: 国家高技术研究发展计划(863计划)